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目前廠商分別進駐在園區研一館1樓、研二館1~7樓、研三館1~4、7樓。依廠商進駐各館別、樓層介紹如下:

服務館 1樓 臺灣銀行台南創新園區分行
2樓 高展電腦資訊有限公司
研一館 1樓 旭聯科技股份有限公司
亞立邦科技股份有限公司
傑克森光電有限公司
英濟股份有限公司
爻域互動科技設計股份有限公司
興鑫昌科技有限公司
諭律企業管理顧問有限公司
南台灣紡織研發聯盟
工研院產業學院
研二館 1樓 聿粲科技股份有限公司
良成科技股份有限公司
培元科技股份有限公司
2樓 虎門科技股份有限公司
財團法人資訊工業策進會
達邦蛋白股份有限公司
仁庾環能有限公司
3樓 實威國際股份有限公司
馬路科技顧問股份有限公司
老手設計工業有限公司
恆照科技股份有限公司
4樓 勤立科技股份有限公司
囍木設計有限公司
里揚國際電子商務有限公司
宇川化學股份有限公司
高琪系統整合有限公司
士峰科技股份有限公司
齊智科技股份有限公司
曜晟股份有限公司
佳業光電開發有限公司
競爭企業有限公司
5樓 台灣日電產股份有限公司
銓友科技股份有限公司
6樓 昶瀚應用材料股份有限公司
致達應材股份有限公司
成亞資源科技股份有限公司
7樓 台灣永光化學工業股份有限公司
宇川化學股份有限公司
衡準科技股份有限公司
研三館 1樓 統欣生物科技股份有限公司
果真實業股份有限公司
2樓 華立光電科技有限公司
3樓 富鑫奈米科技股份有限公司
台景達科技股份有限公司
林曦股份有限公司
4樓 科城生物科技股份有限公司
旭彩光電股份有限公司
拓恩實業有限公司
6樓 陽光屋頂百萬座計畫南部推動辦公室
7樓 三洋塗料股份有限公司

自94年起,陸續有廠商進駐南台灣創新園區,從一開始8家廠商44人進駐,營運至103年12月底,已經累計有231家廠商 (資料累計至103/12/31) 進駐於此進行研發工作。

進駐創新園區後獲得技術研發及產品提升利益之廠商不勝枚舉,其中最值得一提的是由傳統產業轉進,與法人研究單位共同研究新技術、開發新產品,最後成立新創事業公司,為公司帶來新的發展商機。以下就以冠利研發科技及富鑫奈米科技為例:
  1. 冠利研發科技:
    冠利研發科技為冠聚工業(股)公司之子公司,冠聚工業主要為塑膠製品業者,進駐創新園區後與工研院技術合作,投入光學級PE材料研發,並成立子公司「冠利研發科技」,由傳統塑膠製品業成功轉型升級為PE系光學材料與製品業,大幅提昇產品附加價值。
  2. 富鑫奈米科技:
    富鑫奈米科技為富強鑫精密工業(股)公司之子公司,富強鑫精密工業專業於精密機械製造,進駐創新園區後進行微粒化奈米濕式研磨分散設備研發,成功掌握關鍵 技術,由生產射出成型機專業公司升級跨入奈米濕式研磨設備開發,使粉體微粒化研磨技術不受制於國外且降低國內廠商購買設備成本。