南台灣創新園區引進工研院、食品所、資策會等法人研究單位進駐，藉由進駐法人研究單位的技術研發能量，協助南台灣企業升級轉型。園區提供開放實驗室空間、軟硬體設施、創新育成機制及政府相關研發輔助資源服務，創新園區不僅是創業育成的搖籃，更是帶動南部新興產業發展與傳統企業轉型升級的新動能。廠商可循以下五種方式申請進駐南台灣創新園區：
研發聯盟
符合經濟部研發聯盟相關規定且合法登記之公司。
企業設置研發/推廣中心
已成立之合法登記公司，申請設立研發或技術推廣中心
技術共同研發
廠商可利用與進駐園區之法人研究單位技術合作的方式申請進駐。
專業服務
凡是提供智權法務、財務金融、網路資訊、人力資源、經營管理顧問、商務旅遊等專業服務之公司或機構也是進駐邀請對象。
本類細分為三類：先期育成、一般育成、後育成。
- 申請資格
- 先期育成：凡具科技創新構想且有意創業的個人或尚未成立公司之創業團隊（個人若屬中華民國國民，應提供國民身份證影本；若非屬中華民國國民，則應提供護照影本）。
- 一般育成：至少同時具有以下A.B兩項或A.C兩項
- 合法登記之公司;請提出「公司設立登記預查名稱申請表」及預查案件進度查詢之「預查編號」。
- 公司成立18個月內及實收資本額新台幣8000萬以下之新創公司。
- 除以上二項外，若企業設立新事業處，經董事會認可，並有文件證明(董事會會議記錄、公司組織圖)，同時其業務範圍與原企業不同，並具備以下條件之一者，亦可適用「創業育成」類別申請進駐。
- 合於經濟部鼓勵國內企業在台設立研發中心之企業，經核准在案，並以該研發中心為設置新事業之基礎者。
- 獲得政府研發計畫(業界科專、SBIR、主導性新產品計畫...等)補助或參與法人科專移轉其技術，並以此技術移轉為基礎設置新事業處者。
- 後育成：曾進駐南創園區或其他單位育成中心約滿離駐但仍有繼續進駐育成需求之廠商。提出原進駐單位證明、須屬技術性/創新性之產品或服務、可行的營運構想或計畫、有基本執行能力之團隊、有支付基本費用之財務能力、近三年之營運過程及成果。
- 園區也提供獲准進駐之新公司設址於南台灣創新園區的服務(部份營登項目)。
- 進駐期限
- 先期育成：以六個月為限，可依實際執行進度申請展延六個月。
- 一般育成：以三年為限，可依實際執行進度申請展延三年。
- 後育成：以兩年為限，可依實際執行進度申請展延兩年。
- 於台南科技工業區設廠之公司，於建置廠房期間需於創新園區設立短期籌備辦公室得免審查，由營運辦公室依廠商申請書，經與台南科技工業區服務中心查核後，簽呈營運辦公室主任核定進駐。
由三家以上（含）合法登記公司所組成符合經濟部相關規定之研發聯盟，由本園區提供空間供進駐使用，以接受本園區各項相關輔導與合作。
- 申請資格：符合經濟部研發聯盟相關規定且合法登記之公司：聯盟各成員公司均應屬合法登記之公司並繳交三證，如屬新設公司，需提出「公司設立登記預查名稱申請表」及預查案件進度查詢之「預查編號」。
- 進駐期限：進駐時間以三年為限，展延期限與原計畫時程合計以四年為限。
指具研發能力且已成立或規劃成立研發單位之廠商，所提的營運計畫對提昇國內產業之技術水準有所助益者，或對我國推動產業創新體系有重大影響者，均為邀請進駐之對象。
- 申請資格：
- 經濟部已核准之研發中心。
- 合法登記之公司；逕洽南台灣創新園區營運辦公室提出申請。
- 進駐期限：以企業設置研發中心方式申請進駐之公司，其進駐期間每期以三年為原則。
廠商可利用與進駐園區之法人研究單位技術合作的方式申請進駐，以此方式申請進駐的廠商必須與法人研究單位簽訂技術共同研發計畫，技術共同研發類廠商之進駐期間與廠商和法人研究單位技術共同研發計畫合約期間同。
- 申請資格:需同時具有以下兩項
- 合法登記之公司;如無法提供三證，請提出「公司設立登記預查名稱申請表」及預查案件進度查詢之「預查編號」。
- 與進駐法人進行共同研發之公司；於申請進駐審查時，如無法提供合作契約者，請提出合作備忘錄，進駐時請提供雙方技術共同研發契約書。
- 進駐期限：以技術共同研發方式進駐之廠商，其進駐期間與廠商和法人研究單位技術共同研發計畫合約期間同，但單一計畫至少須進駐一年，並以三年為限。如因研發時程上之需要，可依實際狀況申請延展。
凡提供智權法務、財務金融、網路資訊、人力資源、經營管理顧問、商務旅遊等專業服務之公司或機構，也是進駐邀請對象。
- 申請資格:需同時具有以下兩項
- 國內合法登記之公司。
- 對進駐廠商提供智權、資訊、產業分析與研究、財會法務、行銷、管理顧問、工安輔導...等服務之公司組織。
- 進駐期限:以專業服務廠商進駐之公司其進駐期限為二年一期。